Der Roman ist überwiegend chronologisch aufgebaut. Die Handlung beginnt mit einer Einführung in Momos Welt und entwickelt sich schrittweise weiter, ohne größere Rückblenden oder Zeitsprünge. Es gibt jedoch einige erzählerische Einschübe, die Hintergrundinformationen liefern, etwa die Geschichte der grauen Herren oder die Natur der Zeit, die von Meister Hora erklärt wird. Diese Einschübe sind eher erklärender Natur und unterbrechen die chronologische Erzählweise nicht wesentlich.
Ein interessanter Aspekt des Aufbaus ist der zunehmende Wandel der Welt im Verlauf der Geschichte: Während die anfänglichen Kapitel eine fast märchenhafte Atmosphäre mit einem harmonischen Leben um Momo schildern, wird die Erzählweise zunehmend düsterer und beklemmender, je stärker der Einfluss der grauen Herren wird. Erst mit Momos Eingreifen und dem finalen Höhepunkt der Geschichte kehrt eine hoffnungsvollere Stimmung zurück.
Dieser Verlauf wird durch eine Gliederung in drei Teile unterstützt, die verdeutlicht, dass der Weg zu Erkenntnis und Veränderung ein schrittweiser Prozess ist - sowohl für die Figuren, als auch für die LeserInnen: Im ersten Teil »Momo und ihre Freunde« werden, wie der Titel verrät, Momo und ihre Freunde dargestellt. Der zweite Teil, »Die grauen Herren«, zeichnet sich durch ein schnelleres Tempo und erhöhte Spannung aus, und im dritten Teil, »Die Stunden-Blumen«, wird die Geschichte auf den Höhepunkt getrieben und zum Schluss aufgelöst.
»Momo« wird aus einer auktorialen Erzählerperspektive erzählt. Der Erzähler kennt alle Ereignisse, kann in die Gedanken und Gefühle der Figuren eintauchen und gibt den Leser:innen zusätzlich Informationen, über die die Figuren selbst nicht verfügen. Dies ist besonders wichtig bei der Einführung der grauen Herren, deren wahre Absichten den Charakteren zunächst verborgen bleiben, während der Erzähler sie bereits offenbart.
Obwohl die Geschichte hauptsächlich Momos Erlebnisse verfolgt, gibt es gelegentlich kurze Abschnitte, die aus der Perspektive anderer Figuren geschildert werden. Zum Beispiel wird gezeigt, wie sich das Leben der Stadtbewohner:innen durch den Einfluss der grauen Herren verändert. Diese kurzen Perspektivwechsel ermöglichen eine breitere Sicht auf die Problematik der »Zeit-Sparkasse« und ihre Auswirkungen auf verschiedene Charaktere.
Dennoch bleibt der Fokus stets auf Momo als zentrale Figur, sodass die Erzählperspektive nicht zwischen verschiedenen Hauptfiguren hin- und herspringt, sondern eine kohärente Erzählweise bewahrt.
»Momo« ist eine in sich geschlossene Erzählung, da die Geschichte einen klaren Anfang, eine Entwicklung und ein abgeschlossenes Ende hat. Es gibt keine Rahmenerzählung, in der eine übergeordnete Erzählebene die Geschichte einbettet, wie es beispielsweise in klassischen Märchen oder anderen phantastischen Werken häufig der Fall ist.
Die Geschichte endet ohne offene Fragen oder Andeutungen auf eine Fortsetzung, wodurch sie eine abgeschlossene Einheit bildet. Dies verstärkt den märchenhaften Charakter des Romans: Ein Problem tritt auf, die Heldin stellt sich der Herausforderung und am Ende wird die Ordnung wiederhergestellt.