»Unterm Birnbaum« umfasst insgesamt 20 Kapitel und folgt dem charakteristischen Aufbau einer Novelle, welcher große Ähnlichkeit mit der Struktur des klassischen Dramas aufweist.
Die ersten drei Kapitel bilden die Exposition, die in für Fontane kennzeichnender Weise äußerst akribisch ausgeführt wird. Hier werden bereits die Fährten für alle Themen und Motive gelegt, die die Haupthandlung konstituieren, z. B. mit der kurzen Erwähnung der Falltür im ersten Kapitel, und hier werden auch schon die wesentlichen Charakterzüge der Hauptfiguren skizzenhaft vorgezeichnet. Am Ende des dritten Kapitels formuliert Ursel Hradscheck ihr ungutes Gefühl bei der Planung des Verbrechens mit dem Anfang der Spruchweisheit: »Es ist nichts so fein gesponnen ...« (464), die wir in ganzer Länge als Schlusssatz der Novelle, also am Ende des 20. Kapitels, lesen: »Es ist nichts so fein gesponnen, ‘s kommt doch alles an die Sonnen.« (550) Diesmal ist es Pastor Eccelius, der mit dieser Sentenz seinen Eintrag ins Kirchenbuch schließt. Gerhart von Graevenitz schlussfolgert: »Anfang und Ende der Exposition kommen zusammen im Schlusskapitel der ganzen Geschichte, ein doppelt gesicherter Rahmen also hält die Geschichte zusammen.« (Graevenitz 426)
Weiterhin spricht Graevenitz von einer »Art Innenschale« und meint damit die Darstellung der ganz eigenen Beziehung Hradschecks zur alten Jeschke und seine Angst vor ihr, die »im ersten Kapitel anklingt, vom zweiten Kapitel den größten Teil bestreitet, und ab dem siebzehnten Kapitel die schnelle Peripetie zum Ende im neunzehnten Kapitel einleitet.« (ebd.)
Diese »Innenschale« umschließt die eigentliche Kriminalgeschichte, den Hauptteil der Handlung. Sie erstreckt sich vom vierten Kapitel, in dem das Eintreffen des Schuldeneintreibers angekündigt wird, bis zum sechzehnten, in dem Ursels Grabkreuz aufgestellt wird. Dazwischen liegen Szulskis tatsächliche Ankunft und der Abend mit ihm in der Weinstube, die Durchführung der Tat – die nie explizit benannt oder gar in unmittelbarer Anschauung dargestellt wird – und ihre Vertuschung mit allen Schach- und Winkelzügen, derer Abel fähig ist.
Graevenitz macht innerhalb dieses Hauptabschnittes noch eine weitere Rahmung aus, bei der Szulskis Auftritt und Ursels Tod »Abel Hradschecks scheinbar glücklichen Genuß des geraubten Geldes« (Graevenitz 427) einschließen. Dabei weist er auf das wohl wichtigste strukturelle Element der Novelle hin: »[D]er Auftritt des Opfers, Abels Glück und der Tod der Hradscheck sind durch buchstäblich sichtbare Ähnlichkeiten Parallelgeschichten. Buchstäblich unsichtbar und ohne Gegenstücke ereignet sich der eigentliche Mord. Der Mord bildet die strukturelle Lücke in all diesen Verstrebungen des Textes.« (ebd.)
Kapitel 17 markiert mit der Weigerung Edes, in den Keller hinabzusteigen, weil es dort spuke, den zweiten Wendepunkt der Handlung: Weil Abels Angst vor Entdeckung nun unerträglich groß wird, beschließt er, die Leiche in einer nächtlichen Aktion auszugraben und in die Oder zu werfen.
Kapitel 18 bis 20 bilden den Schlussteil der Novelle. In ihnen wird das Verbrechen aufgeklärt und Abel Hradscheck seiner gerechten Strafe zugeführt (nicht von der versagenden Justiz und Dorfobrigkeit, sondern von einer höheren Macht). Man kann also hier mit Begriffen aus der Dramentheorie, die sich auf die Prosaform der Novelle übertragen lassen, von »Katastrophe« und »Lösung« sprechen.
