Aufgrund seines fragmentarischen Charakters fällt im Roman ein großes Ungleichgewicht der einzelnen Teile auf. So umfasst das erste Buch neun Kapitel mit nur knapp 70 Seiten; das zweite Buch besteht ebenfalls aus neun Kapiteln, hat aber fast 140 Seiten, also nahezu den doppelten Umfang des ersten Buches. Das dritte Buch schließlich besteht aus elf Kapiteln mit über 200 Seiten und ist damit deutlich umfangreicher als die beiden ersten. Darüber hinaus endet das dritte Buch recht abrupt, und es ist nicht bekannt, wie Thomas Mann den weiteren Aufbau im einzelnen gestalten wollte, auch wenn folgende Notiz von ihm erhalten ist: »Erster Teil: Jugend. / Zweiter Teil: Kellner und Reise. / Dritter Teil: Hôteldieb / Vierter Teil: Zuchthaus / Fünfter Teil: Ehe / Sechster Teil: Der Kleinen Tod. Flucht. Ende.« (Sprecher 195 f.)

Aus diesem Grund ist es schwierig, eine umfassende Strukturanalyse zu erstellen. Es lässt sich aber festhalten, dass im ersten Teil die Kindheits- und Jugenderlebnisse Felix Krulls, im zweiten seine Erfahrungen in Frankfurt am Main und der Beginn seiner Hotellaufbahn in Paris und im dritten weitere Abenteuer in Paris und Lissabon dargestellt werden. Die Länge der einzelnen Bücher spiegelt insofern die Bedeutung der Lebensabschnitte für Krulls Karriere als Hochstapler wider. Die ersten beiden Bücher schildern die Voraussetzungen für seinen künftigen Lebensweg: die Lebenseinstellung der Eltern und eigene wesensmäßige Anlagen. Das zweite Buch endet mit der Begegnung mit Madame Houpflé, mit deren Schmuck sich Felix die finanzielle Basis für weitere Täuschungsmanöver schafft. Der Grundstein für den Rollentausch mit Venosta im dritten Buch und somit für Felix‘ Reise und seine Erlebnisse in Lissabon ist nun gelegt; die eigentlichen Abenteuer als Hochstapler aber beginnen erst und werden ausführlich im dritten Buch beschrieben.

Der episodenhafte Charakter der Bekenntnisse, der den Roman in enge Verwandtschaft zum Schelmen- oder Picaroroman rückt, lässt aber den Schluss zu, dass es hier auch bei einer möglichen Vollendung des Werkes keinen Aufbau nach Art des klassischen Bildungsromans gegeben hätte. Die typische Dreiteilung in Jugend, Lehr- und Wanderjahre und Meisterschaft, wie sie in Goethes »Wilhelm Meister« gegeben ist, ergibt keinen Sinn, wenn die Hauptfigur keine innere Entwicklung durchlebt. So erklärt sich auch ein Zitat des 79-jährigen Thomas Mann: »Wie, wenn der Roman weit offen stehen bliebe? Es wäre kein Unglück meiner Meinung nach.«