Den Einstieg in »Corpus Delicti. Ein Prozess« bildet das Urteil über Mia Holl, die als Staatsfeindin zum »Einfrieren auf unbestimmte Zeit« verurteilt wird. Die folgenden Kapitel führen im Rückblick auf diese Urteilsverkündung hin.
Mia zieht die Aufmerksamkeit des Systems auf sich, da sie ihre Meldepflichten vernachlässigt hat. Das Gericht beschließt, die bisher vorbildliche Bürgerin zu einem Klärungsgespräch einzuladen. Grund für ihr Verhalten ist ihre Trauer um ihren Bruder Moritz, der aufgrund einer DNA-Analyse wegen Mordes an Sibylle verurteilt wurde. Wiederholt hatte er seine Unschuld beteuert und sich schließlich das Leben genommen. Mia erhält Besuch von dem Starjournalisten Heinrich Kramer, dem sie mit ihrem Intellekt die Stirn bietet. Ihm wirft sie Mitschuld am Tod ihres Bruders vor. Als überzeugter Verfechter der METHODE beruft er sich auf die Vernunft und Beweislage.
Bei ihrer letzten Begegnung im Gefängnis schenkte Moritz seiner Schwester eine fiktive Figur, seine »ideale Geliebte«, in der seine Ideen weiterleben sollen. Diese begleitet Mia in ihrem Trauerprozess und fordert sie heraus. Doch Mia verliert sich in Passivität. Die Versuche, ihren Alltag wieder aufzunehmen, scheitern. Bei dem Gespräch mit der Richterin Sophie schlägt diese ihr eine Reihe an Rehabilitationsmaßnahmen vor. Mia will hingegen in Ruhe gelassen werden. Obwohl Sophie sie über den Wert des Allgemeinwohls belehrt, der über Privatangelegenheiten stünde, gibt sie Mias Bitte nach.
Moritz hielt sich regelmäßig außerhalb des hygienischen Bereichs auf, um am Fluss zu angeln und zu rauchen. Mia nahm er mit und teilte mit ihr seine Ansichten über das Leben, wegen der sie sich häufig gestritten haben. In der Sehnsucht nach ihrem Bruder zündet Mia sich in ihrer Wohnung schließlich eine Zigarette an. Die Nachbarin Driss riecht den Rauch und schlägt Alarm.
Wegen des Missbrauchs toxischer Substanzen wird ein Strafprozess gegen Mia eröffnet. Dabei wird ihr der Strafverteidiger Lutz Rosentreter zugewiesen, der sich für sie einsetzen will. Während Mia versucht, ihren Pflichten nachzukommen, wirft die »ideale Geliebte« ihr Unentschlossenheit vor. Mia habe die Schwächen des Systems erkannt und könne nicht mehr hinter diese Erkenntnis zurück. In einem TV-Interview warnt Kramer vor Anti-Methodisten. Die »ideale Geliebte« erkennt darin eine Anspielung auf Mia.
Die Angeklagte wird zu zwei Jahren Haft auf Bewährung verurteilt, was auch an Rosentreters aggressiver Prozessführung liegt. Bei einem Gespräch in Mias Wohnung entlarvt sie seine Abneigung gegen die METHODE. Rosentreter liebt eine Frau, mit der er immunologisch nicht kompatibel ist. Das System verwehrt ihnen eine gemeinsame Zukunft. Kramer kommt hinzu und fordert Mia auf, von Moritz zu erzählen. Sie spricht über dessen große Liebe zur Natur und seine Leukämieerkrankung, von der er durch eine Knochenmarkspende vollständig geheilt wurde. Ihre Äußerungen werden in einem Zeitungsartikel von Heinrich Kramer zitiert. In diesem warnt er vor methodenfeindlichen Gruppierungen und Terroristen, zu welchen er auch Moritz Holl zählt.
In ihrer Gerichtsverhandlung bekennt sich Mia noch immer als Anhängerin der METHODE, bezweifelt jedoch deren Unfehlbarkeit. Rosentreter führt den Beweis an, dass Moritz unschuldig war: Nach der Stammzelltransplantation hatte Moritz dieselbe DNA wie der Spender Hannemann. Für Mia ist das der Beweis für Moritz’ Unschuld.
Mia ist nun bereit, sich öffentlich zu Moritz zu bekennen und die METHODE als Unrechtssystem zu entlarven. Kramer sieht sie von nun an als ihren Feind, dessen Ansichten im Gegensatz zu den ihren stehen. Statt der Rationalität verschreibt sie sich dem Gefühl. Mia diktiert Kramer ein persönliches Manifest, in dem sie Staat und Gesellschaft das Vertrauen entzieht. Die »ideale Geliebte« »verlässt« Mia daraufhin, weil ihre Mission erfüllt ist. Wenig später überfällt der METHODENSCHUTZ Mia in ihrer Wohnung und nimmt sie fest.
Mias Proklamation weckt den Widerstand, für den sie zu einer Symbolfigur wird. In einem Fernsehinterview vergleicht Kramer die Aufstände mit einem Virus, die der METHODE schaden würden und welche es zu bekämpfen gilt.
Kramer besucht Mia in ihrer Zelle. Sie soll ein Geständnis unterschreiben, das Moritz zum Kopf einer Widerstandszelle macht und sie ebenfalls als Angehörige der Gruppe benennt. Aus ihrer über Jahrzehnte angelegten Datenspur und mithilfe von Kramers Manipulation wurden Beweise gegen sie konstruiert. Mia bleibt unbeugsam, selbst Folter kann sie nicht von ihren Überzeugungen abbringen. In Gegenwart Kramers entfernt Mia mit Hilfe eines Nagels den Chip mit ihren Gesundheitsdaten aus ihrem Oberarm.
Die Schlussverhandlung findet in einem Schauprozess statt. Gegner und Befürworter der METHODE sind unter den Reihen. Mia versucht in einer letzten provokativen Ansprache, zum Handeln aufzurufen. Der Prozess wird abgekürzt und Mia verurteilt. Die Vollstreckung wird vorbereitet und Mia soll eingefroren werden. Um zu verhindern, dass sie als Märtyrerin in die Geschichte eingeht, wird sie jedoch im letzten Moment begnadigt. Das ist ein Schock für Mia. Nun gibt es für sie kein Entkommen mehr vor der METHODE.
