Jean-Baptiste Grenouille wird 1738 von einer Fischhändlerin auf einem Fischmarkt an dem Friedhof Cimeterie des Innocents in Paris geboren, die für den versuchten Mord an ihm hingerichtet wird. Der Junge, der schon als Säugling die außergewöhnliche Gabe besitzt, verschiedenste Gerüche in sich aufzunehmen, besitzt keinen eigenen Körpergeruch. Er kommt zu verschiedenen Ammen, die ihn aufziehen sollen, doch alle wollen das Baby schon nach kurzer Zeit loswerden. Dies liegt daran, dass Grenouille ihnen Angst bereitet. Er riecht nicht wie andere Säuglinge und verhält sich auch nicht so.

Nach einiger Zeit wird er zu Madame Gaillard geschickt. Diese verdient ihren Unterhalt mit dem Aufziehen von Waisenkindern. Schnell wird Grenouille zu einem Außenseiter. Die anderen Kinder finden ihn seltsam und versuchen sogar, ihn zu ersticken. Doch alle Versuche schlagen fehl. Grenouille wächst ohne Liebe und Freundschaft bei Madame Gaillard auf.

Schon in seiner Kindheit beschließt Grenouille, alle Düfte in sich aufzunehmen und für immer in sich zu bewahren. Im Alter von acht Jahren wird er an den Gerber Grimal verkauft. Die harten Arbeitsbedingungen überlebt Grenouille aufgrund seiner einsamen Kindheit und angeborenen Zähigkeit. Eines Tages nimmt er bei einer Erkundung durch Paris plötzlich einen bis dato unbekannten Geruch wahr. Er folgt dem Duft durch die Straßen, bis er dessen Quelle findet. Es handelt sich um den Geruch eines jungen Mädchens.

Grenouille ist von dem Geruch so fasziniert, dass er ihn gerne festhalten möchte. Er schleicht sich an das Mädchen heran und tötet es. Doch schnell merkt er, dass sich mit dem Tod auch der vollkommene Geruch verflüchtigt. Er beschließt, einen Weg zu finden, um den Duft zu konservieren. Diese Gier treibt Grenouille während der nächsten Jahre an und wird zum Zentrum seiner Lebensambition, der größte Parfümeur aller Zeiten zu werden. Er geht bei dem Parfümeur Giuseppe Baldini in die Lehre und lernt das Handwerk kennen.

Nach einer Zwischenepisode auf dem Vulkan Plomb au Cantal, wo Grenouille sieben Jahre in der Einsamkeit verbringt, macht er sich auf nach Grasse, um weitere Duftgewinnungsverfahren kennenzulernen. Dort tötet er sechsundzwanzig schöne, jungfräuliche Mädchen, aus deren Düften er ein Meisterparfum kreiert, das ihm Macht über die Herzen der Menschen verleiht.

Jedoch merkt er, dass die Menschen dadurch nicht ihn lieben, sondern nur das Parfum. 1767 kehrt er zurück nach Paris auf den Friedhof des Innocents, in dessen Nähe er geboren wurde. Er überschüttet sich mit dem Parfum und wird in der Folge von den dort herumlungernden Aussätzigen der Gesellschaft in einem kannibalischen Akt verzehrt.