Preußlers Werk »Krabat« wird von einem auktorialen Erzähler in chronologischer Reihenfolge erzählt, wie näher im Abschnitt »Sprache und Stil« ausgeführt wird. Die äußere Struktur des Werkes ist vom zeitlichen Rahmen des Lebens auf der Mühle geprägt. (Vgl. Richter 14) Es ist in drei Zeitabschnitte unterteilt, die jeweils eines von Krabats Lehrjahren in der Mühle abbilden. Dies ist bereits an der Namensgebung erkennbar, da die Abschnitte die Titel »Das erste Jahr«, »Das zweite Jahr« und »Das dritte Jahr« tragen.
Das erste Jahr beginnt mit Krabats Weg zur Mühle und beschreibt, wie Krabat sich in seinem neuen Alltag und seiner Rolle als Mühlknappe und Zauberlehrling einfindet. Im zweiten Jahr entdeckt Krabat die Vorzüge sowie auch die Schattenseiten der Mühle und der Zauberei. Im dritten Jahr deckt er schließlich alle Geheimnisse der Mühle auf und findet einen Weg, den Meister zu besiegen – das Jahr endet mit seinem Fortgang nach der Befreiung. Somit handelt es sich um eine in sich geschlossene Erzählung.
Die Dreiteilung des Romans ist kein bloßer Zufall: Preußler arbeitet in »Krabat« an vielen Stellen mit der Zahlensymbolik. So träumt Krabat beispielsweise dreimal von der Mühle, ehe er sie aufsucht. (Vgl. S. 12f.) Er klopft dreimal an die Tür des Meisters, ehe er sie öffnen kann (vgl. S. 14) und er träumt von drei Fluchtversuchen, die ihm alle misslingen. (Vgl. S. 28ff.) Die Drei wird vor allem in Märchen häufig verwendet – sie symbolisiert die Vollendung, das Bestehen einer Prüfung oder trägt schlicht die Bedeutung »immer« oder »alles«. (Vgl. Schmidt 51) Sie »weckt die Hoffnung auf eine glückliche Wende im Geschehen.« (Ebd.)
Die Zeit spielt eine große Rolle in Preußlers Roman. So gibt es feste Zeitabläufe, die sich stets wiederholen und es dem Leser ermöglichen, zu lokalisieren, zu welcher Zeit des Jahres die Handlung aktuell spielt. Das gesamte Leben auf der Mühle ist durch feste Tages-, Wochen- und Jahresabläufe reglementiert. (Vgl. Kulik 179) So findet die Arbeit der Mühlknappen immer werktags und sonntags vom frühen Morgen bis zum Abend statt, am Samstag dürfen sie zwei Stunden später beginnen und am Freitag machen sie früher Feierabend, da der Meister sie am Freitagabend in der schwarzen Magie unterrichtet. (Vgl. ebd.) In der Neumondnacht eines jeden Monats arbeiten sie zudem für den Herrn Gevatter. (Vgl. S. 60) Zum festen Zeitablauf gehört auch, dass in jeder Silvesternacht ein Mühlknappe stirbt. (Vgl. S. 213)
»Die Romanhandlung innerhalb der einzelnen Jahre orientiert sich – wie im Leben der Menschen im 17. Jahrhundert üblich – am Kirchenjahr.« (Schroeter-Brauss 66) So beginnt das erste Jahr mit Krabats Aufnahme in die Mühle zum Fest der Heiligen Drei Könige. An Ostern wird er in die Schwarze Schule aufgenommen und in der Silvesternacht, am Ende des ersten Abschnitts, stirbt einer der Gesellen. (Vgl. ebd.) Auch die weitere Zeiteinteilung orientiert sich am Kirchenjahr, wie beispielsweise an den Zeitangaben »ein paar Tage nach Michaeli« (S. 159), »um den Josephitag« (S. 109) und »zwei Wochen nach Allerheiligen« (S. 85) sowie an der Erwähnung des Weihnachtsfestes (vgl. ebd.) deutlich wird.
Die größte Rolle spielen insgesamt das Osterfest sowie die Silvesternacht. Das Osterfest umschließt besondere Riten, wie die nächtliche Wache in der Nacht von Samstag auf Sonntag, das Zeichnen des Drudenfußes und den Treueschwur, den die Mühlknappen dem Meister leisten müssen. (Vgl. S. 45ff.) Zugleich finden während der Osterwache auch Krabats erste Begegnungen mit der Kantorka statt, die ausschlaggebend für den Ausgang der Geschichte sind.
Die Silvesternacht ist ebenso wichtig, da Krabats Zweifel am Meister und seinen Taten mit dem Tod seiner Mitgesellen wächst und im dritten Jahr auch er selbst in dieser Nacht geopfert werden soll. (Vgl. S. 246) »Die Erzähleröffnung von Otfried Preußlers ›Krabat‹ verweist mit den Angaben zu Ort und Zeit des Geschehens und mit der Vorstellung der Figuren zunächst nicht auf eine phantastische Szenerie«. (Richter 14)
Der Handlungsort des Romans kann so auch auf realen Landkarten leicht nachvollzogen werden. Das Werk spielt in der Oberlausitz, in der Gegend um die Städte Hoyerswerda, Kamenz und Bautzen. (Vgl. Schroeter-Brauss 66) Die Handlungsorte liegen alle in einem Umkreis von rund 60 Kilometern – dies entspricht dem Radius, den die Menschen im 18. Jahrhundert bewältigen konnten, da sie sich größtenteils zu Fuß fortbewegten. (Vgl. ebd.) Eine einzige Ausnahme bildet hier die Reise nach Dresden, die Krabat mit dem Meister unternimmt. (Vgl. S. 110ff.) Die magische Welt, die Preußler aufbaut, beschränkt sich demnach beinahe ausschließlich auf die Mühle im Koselbruch. Preußler stellt dar, dass es auch außerhalb der Mühle weitere Zauberei gibt – dies wird durch die Existenz von Pumphutt und dem Herrn Gevatter bestätigt – jedoch ist die Existenz der Magie nicht jedem Menschen bekannt. So hatte Krabat von der Existenz Schwarzer Schulen zwar schon gehört, hielt sie jedoch bis zu seiner Ankunft dort für ein Schauermärchen. (Vgl. S. 41)
