Als Waise zieht der vierzehnjährige Krabat gemeinsam mit zwei Freunden durch die Dörfer um Hoyerswerda, bis er durch einen dreimal wiederkehrenden Traum zur Mühle am Schwarzen Wasser im Koselbruch gerufen wird. Dort trifft er den Meister der Mühle und willigt ein, dessen Lehrling zu werden.
Krabat lernt die anderen elf Mühlknappen kennen und bemerkt schnell, dass nicht alles in der Mühle mit rechten Dingen zugeht. Er muss hart arbeiten, bekommt jedoch Hilfe von dem Altgesellen Tonda, der ihm als Ansprechpartner und bald auch als guter Freund zur Seite steht. Schnell stellt Krabat fest, dass er in der Mühle gefangen ist. In der ersten Neumondnacht nach seiner Ankunft beobachtet er, wie die Mühlknappen und der Meister für einen Mann arbeiten, den sie den Herrn Gevatter nennen.
An Ostern schickt der Meister die Burschen zu einem besonderen Ritual los. Sie halten in der Nacht an einem Ort Wache, an dem jemand gewaltsam starb und zeichnen sich gegenseitig einen Drudenfuß auf die Stirn. Am Morgen kehren sie zur Mühle zurück und schwören dem Meister die Treue. Das Ritual bewirkt, dass die Arbeit den Mühlknappen tagsüber leichtfällt. Während seiner Osterwache begegnet Krabat zum ersten Mal dem Mädchen, das er im weiteren Verlauf nur »die Kantorka« nennt und ist sogleich verliebt in sie.
Krabat erfährt schon bald, dass es sich bei der Mühle um eine Schwarze Schule handelt und wird als Zauberlehrling aufgenommen. Jeden Freitagabend verwandeln sich die Mühlknappen in Raben und der Meister lehrt sie einen der Zaubersprüche aus seinem Zauberbuch, dem Koraktor, auch Höllenzwang genannt. In den Neumondnächten arbeitet Krabat nun mit, während der Meister sich zum Herrn Gevatter gesellt.
Um Weihnachten herum bemerkt Krabat, dass die Stimmung in der Mühle immer angespannter wird und Tonda erklärt ihm, dass sie alle große Angst hätten und er den Grund noch erfahren werde. Er schenkt Krabat sein Zaubermesser, welches eine kommende Gefahr anzeigen kann, als ein Andenken. Tonda verstirbt in der Silvesternacht auf unerklärliche Weise. Krabat trauert um seinen Freund und entwickelt erste Zweifel an der Mühle und seinem Dienst dort.
Krabat lernt, dass ein Jahr in der Mühle drei Jahren in der Außenwelt entspricht – und so ist er zwischenzeitlich nicht nur gewachsen und gereift, sondern steht auch am Ende seiner Lehrzeit. Hanzo übernimmt Tondas Position als Altgesell und der Meister bringt den neuen Lehrling Witko auf die Mühle. Krabat freundet sich zunehmend mit Michal und Juro an und muss immer noch an die Kantorka denken. Als er während der nächsten Osternacht seinen Körper verlässt, um sie zu sehen, rettet Juro ihm das Leben, indem er ihn rechtzeitig zurückholt.
In der Schwarzen Schule verbessert er sich stetig und wird bald zum Meisterschüler. Dem Meister fällt Krabats schnelle Entwicklung zunächst positiv auf. Die Unruhen um das Weihnachtsfest herum wiederholen sich und in der Silvesternacht des zweiten Jahres stirbt schließlich Michal und wird vom Meister gegen den kleinen Lobosch ersetzt, mit dem Krabat vor seiner Zeit als Mühlknappe umhergezogen ist.
Neben Krabat trauert vor allem Merten um seinen Vetter Michal. In seiner Trauer versucht er zu fliehen und als dies misslingt, will er sich das Leben nehmen – doch der Meister verhindert dies und verdeutlicht, dass nur er die Macht über den Tod auf der Mühle habe. Krabat wendet sich nun gegen den Meister.
Am nächsten Osterfest stellt Krabat sich der Kantorka offiziell vor. Als der Meister bemerkt, dass Krabat sehr abwesend ist, ahnt er, dass dieser ein Mädchen kennengelernt hat und bemüht sich, ihre Identität herauszufinden. Durch seinen Freund Juro erfährt Krabat, dass der Meister einen Pakt mit dem Herrn Gevatter hat. Er muss in jeder Silvesternacht ein Opfer bringen, um selbst zu überleben. Dieser Kreislauf kann unterbrochen werden, indem ein Mädchen, das einen seiner Mühlknappen liebt, diesen freibittet. Sie muss eine Probe bestehen und ihren Geliebten, getarnt als Raben, erkennen. Gelingt ihr dies, dürfen alle Mühlknappen die Mühle verlassen. Juro hilft Krabat dabei, seine Kräfte zu verbessern, um gegen den Meister anzukämpfen und die Kantorka willigt ein, Krabat freizubitten. Der Müller bietet Krabat an, sein Nachfolger zu werden, doch dieser schlägt das Angebot aus – auch wenn er weiß, dass somit er der nächste ist, der dem Herrn Gevatter geopfert werden soll.
Am Ende des dritten Jahres überbringt Juro der Kantorka die Botschaft, am Vorabend des Silvestertages zur Mühle zu kommen. Sie erscheint dort und bittet Krabat frei. Der Meister verbindet ihr die Augen und befiehlt ihr, auf Krabat zu zeigen. Obwohl die Probe anders ausfällt als erwartet und Krabats ursprünglich geplante List somit nicht wirkt, erkennt die Kantorka Krabat dennoch, da sie seine große Angst um sie spürt. Die Mühlgesellen sind frei und sie wissen, dass die Mühle um Mitternacht in Flammen aufgehen wird und der Meister sein Leben an den Herrn Gevatter verliert.
