Das Stück beginnt in der schwedischen Provinz Dalarna, wo ein Werber bemüht ist, Truppen für den Krieg auszuheben. Die Szene wird mit 1624 datiert, der Krieg ist also bereits seit sechs Jahren im Gange. Mutter Courage tritt auf. Sie hat einen Marketenderwagen, der von ihren beiden Söhnen Eilif und Schweizerkas gezogen wird. Neben den Söhnen lebt noch die taubstumme Kattrin – Courages drittes Kind – bei ihnen. Unter Mithilfe des Feldwebels gelingt es dem Werber, Eilif wegzulocken und ihn zum Eintritt in das protestantische Heer zu überreden. Mutter Courage hat somit ihr erstes Kind verloren.
Zwischen 1625 und 1626 zieht die Courage mit ihren verbliebenen zwei Kindern durch Polen. Als sie vor der Festung Wallhof mit dem Koch über den Preis für einen Kapaun verhandelt, trifft sie Eilif wieder. Eilif ist unterdessen zum Kriegshelden geworden; sein Feldhauptmann zeichnet ihn aus.
Drei Jahre später ist auch Schweizerkas in den Dienst eingetreten. Er ist Zahlmeister des finnischen Regiments geworden. Mutter Courage und der Zeugmeister des gleichen Regiments gehen einen illegalen Tauschhandel ein. Yvette Pottier tritt auf und singt das »Lied vom Fraternisieren«. Dann aber überfallen katholische Truppen das schwedische Lager. Kattrin wird von Mutter Courage mithilfe von Asche unansehnlich gemacht, damit sie nicht vergewaltigt wird. Schweizerkas indessen will die Regimentskasse schützen, indem er sie in einem Maulwurfsloch versteckt. Es sind ihm aber bereits katholische Soldaten auf der Spur. Schweizerkas wird festgenommen und abgeführt. Die Courage versucht zu vermitteln, doch weil sie nicht genug Geld aufbringt, wird Schweizerkas von den katholischen Truppen erschossen. Am Ende werden der Courage und Kattrin der Leichnam von Schweizerkas gezeigt. Sie können ihn verleugnen und dadurch ihr Geschäft wieder aufnehmen.
Wenig später wohnt Mutter Courage zusammen mit Kattrin und dem Feldprediger dem Begräbnis des katholischen Befehlshabers Tilly bei. Courage hat Sorge davor, dass nun der Frieden beginnen könne. Allerdings kommt es nicht dazu. Kattrin wird von Soldaten misshandelt, Mutter Courage aber hält schließlich doch am Krieg fest. Es ist inzwischen 1632, Mutter Courage ist auf dem Höhepunkt ihres wirtschaftlichen Erfolges. Gustav II. Adolf fällt in der Schlacht bei Lützen. Koch und Feldprediger streiten darum, wer Mutter Courage und Kattrin weiterhin begleiten dürfe. Schließlich setzt sich der Koch durch.
Als dieser jedoch der Courage das Angebot unterbreitet, mit ihm zusammen nach Utrecht zu gehen, lehnt sie ab, weil sie Kattrin nicht allein lassen will. Kattrin und Courage ziehen nun zu zweit weiter. 1636 schließlich kommen sie vor den Toren der Stadt Halle an, die von kaiserlichen Truppen bedroht wird. Während Mutter Courage in der Stadt ist, bedrohen die Kaiserlichen den Bauernhof, auf dem der Marketenderwagen steht. Kattrin klettert auf das Dach des Bauernhofs und versucht, die Wachen der Stadt zu alarmieren. Ein kaiserlicher Soldat schießt Kattrin vom Dach herunter. Der Schuss wird in Halle gehört, das sich zur Verteidigung rüstet. Kattrin ist tot. Mutter Courage zieht nun alleine weiter.
