Dem eigentlichen Stück sind drei Texte vorangestellt: Die »Zueignung«, das »Vorspiel auf dem Theater« und der »Prolog im Himmel«.
Die »Zueignung« ist ein Gedicht. Die fiktiven Figuren seines Stücks sind dem Dichter seit langem vertraut. Er beschwört sie herauf, und sie erscheinen als lebendige Wesen in seiner Wirklichkeit. Mit ihnen kommen wehmütige Erinnerungen aus der Vergangenheit zurück. Der Dichter wird von Schwermut erfasst. Er trauert um die verlorene Zeit.
Im »Vorspiel auf dem Theater« treten der Direktor, der Theaterdichter und eine lustige Person auf. Der Direktor plant eine neue Aufführung. Dafür bittet er den Dichter und die lustige Person um ihre Mithilfe. Er selbst muss die Erwartungen des Publikums befriedigen, um geschäftlichen Erfolg zu haben. Der Dichter fühlt sich vor allem der Kunst verpflichtet. Die lustige Person hält dagegen, dass das Publikum ein Recht darauf habe, unterhalten zu werden.
Die eigentliche Dramenhandlung beginnt erst mit dem »Prolog im Himmel«. Dort glaubt Gott, der Herr, an das Gute in jedem Menschen: Nicht einmal der zweifelnde Doktor Faust würde sich vom rechten Weg abbringen lassen. Der Teufel, Mephisto, dagegen ist überzeugt, dass er Faust auf Abwege führen könne. Er schließt darüber eine Wette mit Gott ab.
Der Gelehrte Faust wird vorgestellt. Er befindet sich in seinem Studierzimmer und findet keine Ruhe. Faust sucht verzweifelt die Antwort auf die Frage, weshalb Menschen existieren und was dafür sorgt, dass die Welt in geregelten Bahnen läuft. Er beschließt, sich von den Grenzen seines Körpers befreien zu müssen, um eine Antwort zu finden. Dafür beschwört er den Erdgeist und als dies fehlschlägt, beschließt er, sich umzubringen. Schließlich hört er den Glockenklang und Ostergesang, der den Frühling einleitet und lässt von seinem Vorhaben ab.
Faust unternimmt einen Spaziergang mit seinem Assistenten Wagner, bei dem deutlich wird, dass er nicht von seinem Streben ablassen kann und sich durch seine menschliche Existenz eingeschränkt fühlt. Vor seinem Studierzimmer trifft er auf einen schwarzen Pudel. Diesen nimmt er mit in sein Zimmer und wird Zeuge, wie dieser sich verwandelt. Vor ihm steht Mephisto, der sich als der Teufel vorstellt. Faust schafft es nicht, Mephisto zu halten und zu einem Pakt zu überreden und so verschwindet dieser wieder. Faust fühlt sich abermals von einem magischen Wesen betrogen. Mephisto kehrt zurück. Faust und er sprechen über die Bedingungen für einen Pakt, aus dem schließlich eine Wette wird. Faust wettet, dass Mephisto es nicht schafft, ihn von seinem Streben nach Höherem abzubringen und sich ganz seinem irdischen Dasein hinzugeben.
Beide gehen zusammen auf Reisen und machen ihren ersten Halt in Auerbachs Keller in Leipzig. Alkohol und leere Gespräche reichen nicht aus, um Faust von seinem Streben abzubringen, weshalb Mephisto beschließt, Faust verjüngen zu lassen. So sollen seine Triebe geweckt werden. Zur Verjüngung braucht es Magie, weshalb Mephisto mit Faust zu einer befreundeten Hexe geht, um den Trank brauen zu lassen. Nachdem Faust verjüngt ist, trifft er auf Gretchen. Sie kommt aus der Kirche und ist auf dem Weg nach Hause. Als Faust ihr sein Geleit anbietet, lehnt diese ab. Mephisto besorgt daraufhin Schmuck und lässt ihn Faust in Gretchens Zimmer platzieren, damit sie auf Faust aufmerksam wird. Gretchen erzählt ihrer Nachbarin von dem Schmuck, die ihr rät, den Schmuck heimlich zu tragen und ihren Garten für ein heimliches Treffen zur Verfügung stellt.
Mephistos Plan geht auf und Faust und er treffen sich am Abend mit Gretchen und der Nachbarin Marthe. Faust schmeichelt Gretchen und sie treffen sich einige Zeit später erneut bei Marthe im Garten. Sie verabreden sich für eine gemeinsame Nacht und Faust gibt Gretchen ein Schlafmittel für ihre Mutter, damit sie ungestört sein können. Am Brunnen trifft Gretchen daraufhin auf ihre Bekannte Lieschen, die von der schwangeren Bärbel erzählt. Diese wurde unehelich schwanger und wird nun geächtet. Gretchen zeigt Mitgefühl, da sie sich nun in einer ähnlichen Situation befindet. Auch sie wurde durch eine voreheliche Beziehung - in der Nacht mit Faust - schwanger und muss sich nun den gesellschaftlichen Konsequenzen stellen.
Gretchens Bruder Valentin kehrt aus dem Krieg zurück und hört die Gerüchte über seine Schwester. Er ist aufgebracht und trifft in der Straße vor seinem Zuhause auf Faust und Mephisto. Mephisto provoziert ihn, sodass Valentin ihn zu einem Duell mit dem Degen auffordert. Valentin stirbt schließlich durch Fausts Degen und sein Tod erregt Aufsehen. Faust und Mephisto fliehen und feiern zusammen mit den Hexen die Walpurgisnacht.
An einem trüben Tag auf freiem Feld erfährt Faust, dass Gretchen in ihrer Verzweiflung ihr neugeborenes Kind ertränkt hat. Sie ist zum Tode verurteilt und wartet im Kerker auf ihre Hinrichtung. Faust wird von seinem schlechten Gewissen eingeholt und als ihm klar wird, in welcher Lage sich Gretchen befindet, möchte er sie retten.
Mephisto bringt ihn zu dem Kerker, in dem Gretchen auf ihren Tod wartet. Faust versucht, sie von einer Flucht zu überzeugen, doch Gretchen möchte ihre Strafe antreten. Sie hat Angst vor Faust und erkennt in ihm nicht mehr den Mann, den sie einst kannte. Sie entscheidet sich zu bleiben, während Faust und Mephisto fliehen. Sie wird schließlich von Gott erhört und erlöst, ihre Sünden werden ihr vergeben.
