E.T.A. Hoffmann teilte das Märchen in zwölf Kapitel ein, die er Vigilien nannte. Der Begriff kommt aus dem Lateinischen und bedeutet »Nachtwache«. In ebendiesen Nachtwachen schreibt der Erzähler die Geschichte auf, wie er in der 4. und 12. Vigilie erklärt. Hoffmann lehnte sich damit literarischen Vorgängern an: In Cervantes »Don Quijote« wird die Schreibsituation ebenfalls mit Nachtwachen verknüpft. Auch die fragmentarischen »Nachtwachen« von Bonaventura aus dem Jahr 1805 könnten als Inspiration gedient haben. (Varga, 36)
Den Vigilien werden Schlagwörter vorangestellt. Durch ihre für die Handlung teilweise eher geringfügige Bedeutung unterstützen sie eher die Ironie, als das Inhaltsverständnis. Die Erzählung lässt sich in drei Abschnitte einteilen: Einführung (1.-3- Vigilie), Konflikt (4.-9- Vigilie) und Lösung (10.-12. Vigilie). Die Einführung dient der Vorstellung der Figuren und der Etablierung der Zwei-Welten-Konstruktion:
Es existiert eine gewöhnliche, alltägliche Welt und gleichzeitig eine sonderbare, magische Welt, die sich trotz Gegensätzen nicht ausschließen, sondern ineinandergreifen. Das führt bei den Lesenden zu Irritation, werden sie doch immer wieder herausgefordert, das Beschriebene der Realität oder dem Übernatürlichen zuzuordnen. (Grobe, 43) Figuren wie der Archivarius Lindhorst treten in beiden Welten auf und unterstützen durch ihre Wandelbarkeit die fließenden Übergänge und Illusionen. Damit entsteht eine spannungserzeugende doppelte Lesbarkeit. Sind es wirklich glänzende Schlänglein oder doch nur die Spiegelung der Feuerwerkskörper auf der Wasseroberfläche? (vgl. S. 15)
Anselmus’ Konflikt, tragend für die gesamte Erzählung, entsteht durch das Ringen zwischen den beiden Welten. Seine Entwicklung macht die Handlung aus. Die realistische und die mystische Welt wechseln sich in den Vigilien ab. Die Kapitel mit ungeraden Zahlen repräsentieren eher die realistische Welt, die Kapitel mit geraden Zahlen die mystische. Dabei ergänzen sie sich. In der 4. Vigilie kehrt Anselmus zum Holunderbusch zurück. Die Begegnung mit dem Archivarius Lindhorst steigert seine Hoffnung auf Serpentina und den Entschluss, die Stelle beim Archivarius anzunehmen. In der 5. Vigilie werden Veronikas Hoffnung und Träumereien zu Anselmus beschrieben. Sie beschließt, die Rauerin aufzusuchen. Die 6. Vigilie kann mit dem Betreten der Räumlichkeiten des Archivarius als ein Eintreten in die Welt der Poesie verstanden werden. Hier, in der Mitte des Werkes, wird außerdem dessen Namensgeber, der goldene Topf, erstmals gezeigt. Im Kontrast zu Anselmus’ Zusammenwirken mit dem Archivarius, lässt sich Veronika in der 7. Vigilie auf den Zauber der Alten ein. Der Metallspiegel kann als Gegenstück zum goldenen Topf betrachtet werden. In der 8. Vigilie gesteht Anselmus seine Liebe zu Serpentina. Es kommt zum Kuss – ebenso in der 9. Vigilie, hier jedoch mit Veronika. In der 9. Vigilie überlappen die beiden Welten innerhalb der bürgerlichen Stube der Paulmanns. Es kommt zur Eskalation und zum Höhepunkt in Anselmus’ Konflikt, der in seiner Gefangenschaft in der Kristallflasche endet.
Die letzten drei Vigilien halten die Lösungen für die verschiedenen Handlungsstränge bereit. Anselmus besinnt sich zurück auf Serpentina. Im Kampf zwischen dem Archivarius Lindhorst und der Alten siegt das Gute über das Böse. Anselmus und Serpentina werden ein Paar, ebenso Veronika und Hofrat Heerbrand. Zum Schluss steht der Erzähler selbst vor dem Konflikt, einerseits das Märchen gebührend beenden, andererseits mit dem Wissen über Atlantis in der alltäglichen Welt leben zu müssen. Eine allgemeingültige Lösung bleibt aus.
Die Bipolarität der Zwei-Welten-Struktur zeigt sich neben der übergeordneten Ebene auch in Figuren und Handlungsräumen. Archivarius Lindhorst und die Alte, Papagei und Kater, Serpentina und Veronika, Metallspiegel und goldener Topf, Dresden und Atlantis, das Haus des Archivarius und das Haus der Alten können parallel betrachtet werden.
Die Schauplätze dienen als wichtige Orientierung für die irdische und mystische Welt und machen die Entwicklung der darin agierenden Charaktere fest. Als »Ein Märchen der neuen Zeit« bricht dieses durch genaue Orts- und Zeitangaben mit den typischen Merkmalen für ein Märchen. Definierte Lokalitäten in Dresden, zum Beispiel Straßen, Gärten oder Gaststätten, schaffen einen klaren Realitätsbezug. Eine Ausnahme bildet das Schwarze Tor. Dieses war zur Entstehungszeit des Werkes bereits seit einem Jahr abgerissen. (Neubauer, 34) Es hat aber einen wichtigen Symbolcharakter und fungiert als Übergang zwischen den Welten. Hier findet Anselmus’ erster Kontakt mit der mystischen Welt durch die Begegnung mit dem Apfelweib statt. Bei dem magischen Ort Atlantis sind derartig definierte Angaben nicht zu finden. Stattdessen überwiegen Sinneseindrücke über das Materielle. Eine mögliche Begründung wäre: »Letztendlich ist Atlantis nicht als geographischer Ort zu verstehen, sondern als Sinnbild für das dichterische Schaffen, für ein ›Leben in der Poesie‹« (Fellenberg und Küster, 36).
Auch die Zeit wird genau bestimmt und ordnet die Geschehnisse in der realen Welt in das frühe 19. Jahrhundert vom Himmelfahrtstag bis zum 04. Februar ein. Eine weitere Angabe ist der 23. September, an dem Veronika und die Alte den Zauber durchführen. Auch Uhrzeiten werden teilweise genau benannt. Die damit mögliche zeitliche Orientierung sowie der Verweis auf Pünktlichkeit repräsentieren das bürgerliche Leben. Sie dienen aber auch der Ironie, wo der Tagesablauf beim Archivarius genau getaktet ist, obwohl er die mystische und poetische Seite vertritt. (Varga, 41f.) Eine wesentlich größere und unbestimmte Zeitspanne umfassen die Beschreibungen von Atlantis. Hier lassen sich drei Teile bestimmen: Die Erzählung über Phosphorus in der 3. Vigilie, die über den Salamander in der 7. Vigilie und die am Ende angedeutete Unendlichkeit.
Obwohl die Handlung insgesamt chronologisch verläuft, wird die Chronologie nicht streng eingehalten. Die 6. Vigilie findet vor der 5. statt, ebenso der Anfang der 11. Vigilie vor der 10. Zusätzlich werden vier Unterbrechungen durch den Erzähler vorgenommen.
Die Erzählperspektive ist multiperspektivisch. Obwohl es am Anfang scheint, als ob ein allwissender Erzähler durch die Handlung führt, tritt dieser im Laufe hinter die subjektiven Schilderungen der Figuren. Demzufolge ist nicht eine objektive Deutung möglich, sondern mehrere. Dadurch wird die Realitätsfrage verstärkt. Durch die Unterbrechungen des Erzählers als Ich-Erzähler wird die Illusion zusätzlich durchbrochen. In der 12. Vigilie kommt es zum Übertritt in die eigene Fiktion, zum »gegenseitigen Durchdringen von Leben und Poesie«. (Varga, 45)
Demzufolge entfernt sich »Der goldne Topf« von den Merkmalen des Märchens und lehnt sich eher an einen Roman an. Auch die Bezeichnung »Entwicklungsroman in Märchenform« liegt vor. (ebd.)
