In einer märchenhaften Erzählung werden Naturgewalten und das Erblühen einer Feuerlilie beschrieben. Der Jüngling Phosphorus erreicht das (beschriebene) Tal. Die Lilie gesteht ihm seine Liebe und behauptet, sie könne nicht ohne ihn sein. Phosphorus will ihre Liebe erwidern, doch dann würde die Blüte in eine nie gekannte Sehnsucht fallen, sie würde in Schmerz vergehen und neu und fremdartig wieder hervorkommen. Für die Blüte zählt allerdings nur der Jüngling. Als dieser sie küsst, wird sie zu einem fremden Wesen, das hinfortstürmt und den Jüngling in seiner Trauer zurücklässt. Ein Drachen bricht aus einem Felsen hervor und will Phosphorus helfen. Er findet das Wesen, zu dem die Blume geworden ist, und hält sie fest, sodass sie wieder ihre ursprüngliche Gestalt annimmt. Doch diese ist so voller Schmerz und Jammer, dass Phosphorus gegen den Drachen kämpft. Daraus zieht die Blüte neue Kraft, schwächt den Drachen und verhilft somit zu Phosphorus’ Sieg. Die Blüte ist befreit. Sie und Phosphorus können zusammen sein. Das Tal macht sie zur Königin.

Die Geschichte wird von Archivarius Lindhorst erzählt und vom Registrator Heerbrand abwertend kommentiert, wo er doch etwas aus dem Leben des Archivarius hören wollte. Der Archivarius bekräftigt hingegen, dies getan zu haben. Er stamme von der Feuerlilie ab und sei demnach eigentlich ein Prinz. Dafür erntet er Gelächter. Der Archivarius lässt sich davon nicht beirren. Wenn seine Zuhörer so misstrauisch seien, wolle er noch die Geschichte seines Bruders erzählen. Dieser sei auf die böse Seite der Drachen gewechselt, was allerdings aus reiner Verzweiflung erfolgt sei. Der Vater des Archivarius sei vor 385 Jahren (in seinen Augen eine kurze Zeitspanne) gestorben. Er vermachte ihm einen Onyx. Aus Neid seines Bruders kam es zum Streit zwischen den Brüdern am Leichnam ihres Vaters. Dieser habe den Bruder schließlich die Treppe hinuntergeworfen. Aus Gram ging dieser unter die Drachen, wo er einen Edelstein bewachen müsse.

Wieder reagieren die Zuhörer mit Gelächter. Doch Anselmus, der unter ihnen ist, wird bei der Geschichte und dem Klang der Stimme des Archivarius’ unheimlich. Der eigentliche Wunsch bei seinem Besuch im Kaffeehaus scheint sich nicht zu erfüllen. Nach seinem Zusammenbruch konnte er das Haus des Archivarius nicht wieder aufsuchen. Der Konrektor Paulmann hatte ihn dort liegend gefunden und sah das Apfelweib, das bei ihm war. Er brachte Anselmus nach Hause, wodurch dieser vom Anblick des Apfelweibs verschont blieb. Dies hätte ihn womöglich wahnsinnig werden lassen. Niemand konnte ihn aus seinem trübsinnigen Zustand befreien, sodass der Registrator umso mehr für die Anstellung beim Archivarius plädierte. Daher wollte er ihn im Kaffeehaus, wo der Archivarius Lindhorst sich vermehrt aufhält, vorstellen.
Als der Archivarius das Kaffeehaus verlassen will, hält ihn der Registrator Heerbrand auf und stellt ihm endlich Anselmus vor. Der Archivarius ist einverstanden und verlässt rasch das Etablissement. Der Registrator Heerband und Anselmus bleiben verwirrt zurück. Der Registrator behauptet, dass der Archivarius ein sonderbarer, aber eigentlich lieber Genosse sei. Anselmus nimmt sich fest vor, am nächsten Tag bei ihm vorstellig zu werden.

Die 3. Vigilie beginnt mit einer fantastischen Geschichte, bei der sich den Lesenden nicht gleich der Zusammenhang erschließt. Erst nachträglich wird deutlich, dass es sich um eine Erzählung des Archivarius handelt. Ebenso werden die Ereignisse des vorherigen Tages erst im Rückblick aufgedeckt und stellen eine andere, der alltäglichen Welt entsprechende Perspektive der Vorgänge vor. Anselmus ist dennoch davon überzeugt, am Türklopfer dem Gesicht des Apfelweibs entgegengeblickt zu haben. (vgl. 26) Er ist empfänglich für die Bilder des Übernatürlichen, während die anderen ihn für »seelenkrank« (26) halten. Eben diesen anderen bleibt der Zugang zur fantastischen Welt, gleich der Poesie, verwehrt.

Deutlich wird das auch im Kaffeehaus. Während die Mehrzahl der Zuhörer die Geschichten des Archivarius nicht ernst nehmen, erwecken sie in Anselmus ein unheimliches Gefühl. Auffallend ist die Beschreibung der »raue[n], aber sonderbar metallartig tönende[n] Stimme des Archivarius Lindhorst« (25), die bei Anselmus »etwas geheimnisvoll Eindringendes, dass er Mark und Bein erzittern fühlte« hervorbringt. (25)

Archivarius’ Geschichte ist eine bildgewaltige Erzählung, die das wundersame Reich Atlantis beschreibt. Das Übernatürliche und Sonderbare, das die Sinne anspricht und mit zahlreichen Stilmitteln wie Personifizierungen, Vergleichen und Metaphern beschrieben wird, steht über dem Logischen: »Wie triumphierende Sieger hoben die Granitfelsen ihre zackicht gekrönten Häupter empor, das Tal schützend, bis es die Sonne in ihren mütterlichen Schoß nahm und es umfassend mit ihren Strahlen wie mit glühenden Armen pflegte und wärmte.« (21) Hier ist es nicht verwunderlich, dass sich eine Lilie in einen Jüngling verliebt und eben jener diese mit einem Kuss entflammt. Dennoch lassen sich Parallelen zur Alchemie ziehen. Schließlich wird der Archivarius selbst als Wissenschaftler und Chemiker beschrieben. Der Name Phosphorus beinhaltet bereits das chemische Element Phosphor, das die Fähigkeit besitzt, zu leuchten und somit auch die Blume zu entzünden. Das Ziel der Alchemie war die Herstellung von Gold, aber auch die Veredelung von Substanzen. Feuer diente dabei als Hilfsmittel, den Zustand eines Stoffes zu verändern. In der Erzählung wird die Lilie durch Feuer zu einem neuen Wesen. (Varga, 68f.)
Atlantis ist als ein paradiesischer Zustand zu betrachten. Mit dem Gedanken, den Phosphorus in der Feuerlilie entzündet, kommt es zur Bewusstwerdung und damit zur Entzweiung oder Entfremdung von der Natur.
Man kann auch den Vergleich zur Schöpfungsgeschichte ziehen, als Adam und Eva den Apfel aßen und folglich aus dem Paradies vertrieben wurden. Auch der Einstieg in die Erzählung erinnert an die biblische Schöpfungserzählung: »Der Geist schaute auf das Wasser, da bewegte es sich und brauste in schäumenden Wogen« (21). Der tatsächliche »Sündenfall« wird allerdings erst durch den Salamander im zweiten Teil der Geschichte (vgl. 8.Vigilie) beschrieben. (Varga, 71f.)